Riadiaci systém riadi podľa uloženého programu činnosť robota ovládaním pohonov a ostatných mechanizmov, zaisťuje komunikáciu (napr. s periférnym zariadením: paletová stanica, dopravník polotovaru).
Štruktúra riadiaceho systému zodpovedá štruktúre počítača (niekoľko procesorov).
1. Ručné riadenie: pomocou prístroja pre ručné ovládanie sú zadávané jednotlivé príkazy pre pohyb. Procesor riadiaceho systému príkazy vyhodnotí a zadá regulátorom pohonov požadované hodnoty
2. Zadávanie programu: je vyvolaný editor – príkazy sú zadávané v príkazovom jazyku
3. Automatický režim: vyvolá sa užívateľský program uložený v pamäti a bez prerušenia sa vykoná.